I když údaje za neziskové instituce v satelitním účtu za roky 2015 a 2016 nemá ještě ČSÚ k dispozici, z registru ekonomických subjektů je patrný vývoj počtu založených a zrušených neziskových institucí v letech 2006–2016. Je zde vidět, jak se projevila transformace na počtu nově vzniklých subjektů – v roce 2014 jich vzniklo o polovinu méně než v jiných letech.
Místo občanských sdružení vznikly spolky, z organizační jednotky sdružení se staly pobočné spolky. Odborové organizace se nově sledují zvlášť. Obecně prospěšné společnosti už nemohou nadále vznikat, mohly se transformovat na ústavy, nadace nebo nadační fondy. Zájmová sdružení právnických osob už také nemohou nově vznikat, i když i nadále existují.
Největší skupinou neziskových institucí jsou spolky a pobočné spolky. Protože podle legislativy platné do konce roku 2013 neměly za povinnost nahlásit ukončení činnosti, je jejich počet velmi nadhodnocený, podle některých údajů dokonce o třetinu až polovinu. Bohužel ani transformace v roce 2014 tuto skutečnost nezměnila. Počet neaktivních spolků je odhadem pořád stejný.
Vyšší počet zaniklých subjektů v roce 2010 byl způsoben zánikem nadací, které nebyly rejstříkovými soudy přeregistrovány. Počet zaniklých subjektů v roce 2013 tvoří občanská sdružení a jejich organizační jednotky, které nebyly zapsány Ministerstvem vnitra do nového registru občanských sdružení.
Vývoj počtu založených a zrušených neziskových institucí v letech 2006–2016
